新輔助TCHP治療是早期HER2+乳腺癌的一項(xiàng)標(biāo)準(zhǔn)治療策略，約有三分之一患者表現(xiàn)出臨床獲益（PCR）。了解導(dǎo)致不同乳腺癌患者對(duì)該療法應(yīng)答或應(yīng)答失敗的生物學(xué)因素，對(duì)于開發(fā)治療方法和選擇治療策略至關(guān)重要。

近期，Mayo Clinic的研究團(tuán)隊(duì)在2023美國(guó)腫瘤免疫治療學(xué)會(huì)年會(huì)（The Society for Immunotherapy of Cancer, SITC）上發(fā)布了他們的一項(xiàng)早期研究，該研究選擇利用了GeoMx IPA空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)方案對(duì)早期HER2+/ER腫瘤的基質(zhì)區(qū)域和腫瘤區(qū)域進(jìn)行深度挖掘分析，初步發(fā)現(xiàn)了與治療響應(yīng)相關(guān)的生物標(biāo)志物。

研究概覽

研究人員選擇使用GeoMx IPA空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)方案來評(píng)估早期 HER2+（IHC3+）/ER- 腫瘤的腫瘤區(qū)和基質(zhì)區(qū)的空間蛋白質(zhì)組表達(dá)特征。在該項(xiàng)試驗(yàn)中，研究人員分析了6個(gè)樣本，包含3個(gè)對(duì)新輔助TCHP治療響應(yīng)的樣本和3個(gè)對(duì)新輔助TCHP治療無(wú)響應(yīng)的樣本，使用線性混合模型對(duì)不同樣本不同區(qū)域的蛋白質(zhì)組表達(dá)差異進(jìn)行評(píng)估，以確定與TCHP治療響應(yīng)相關(guān)的蛋白表達(dá)特征，并評(píng)估治療后仍有微小殘留病灶（MRD）的樣本的免疫微環(huán)境。

GeoMxIPA可以實(shí)現(xiàn)對(duì)組織中任何區(qū)域（如腫瘤區(qū)域、免疫交界區(qū)域、腫瘤微環(huán)境和正常基質(zhì)區(qū)域等）中的570多種蛋白質(zhì)進(jìn)行空間原位的表達(dá)檢測(cè)，快速發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)生物標(biāo)記物和藥物靶點(diǎn)。與傳統(tǒng)的免疫組化或免疫熒光檢測(cè)方法相比，利用GeoMxIPA可在每張組織切片獲得更全面的生物信息。

圖 1, GeoMx DSP工作流程和研究樣本的組織成像

涵蓋570種蛋白靶標(biāo)的GeoMxIPA免疫腫瘤空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)方案能夠深入分析這些蛋白的組織空間分布特征和表達(dá)豐度差異，提供了極具病理價(jià)值的分子信息，進(jìn)而支持研究人員從新的視角了解與HER2+乳腺癌標(biāo)準(zhǔn)療法的良好響應(yīng)相關(guān)的蛋白質(zhì)組特征，挖掘出具有臨床應(yīng)用（預(yù)測(cè)預(yù)后等）潛力的生物標(biāo)志物，甚至開發(fā)新的治療靶點(diǎn)，從而最大限度地提高新輔助TCHP的療效。

不同治療響應(yīng)下腫瘤區(qū)和基質(zhì)區(qū)的空間蛋白質(zhì)組表達(dá)譜

圖 2, A).不同樣本的組織形態(tài)學(xué)特征；B).在對(duì)所有樣本AOI蛋白表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控和歸一化，繼而進(jìn)行無(wú)監(jiān)督聚類分析。

空間蛋白質(zhì)組學(xué)分析表明，對(duì)新輔助TCHP療法響應(yīng)的樣本中，ERBB信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)模式表現(xiàn)出顯著特征

圖 3, B). GSEA分析顯示，對(duì)新輔助TCHP治療有響應(yīng)的樣本中，ERBB信號(hào)特征明顯富集；C). CK+和CK-組織中的差異表達(dá)；D). ERBB信號(hào)特征在應(yīng)答者和非應(yīng)答者中高度相關(guān)。

GeoMx空間蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)與CosMx單細(xì)胞空間原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析

圖 4, A). 使用 CosMx Human Universal Cell Characterization（CosMx UCC）1K RNA檢測(cè)方案對(duì)樣本進(jìn)行檢測(cè)。B). 帶有形態(tài)學(xué)標(biāo)記信息的腫瘤區(qū)和基質(zhì)區(qū)的CosMx圖像；C). CK+組織中的HER2蛋白表達(dá)（GeoMx IPA）與腫瘤細(xì)胞中的ERBB2 mRNA密切相關(guān)（CosMx UCC）；D). 不同組織區(qū)域的差異表達(dá)。

GeoMxIPA空間蛋白質(zhì)組檢測(cè)方案

GeoMx IPA可以實(shí)現(xiàn)對(duì)組織中任何區(qū)域（如腫瘤區(qū)域、免疫交界區(qū)域、腫瘤微環(huán)境和正?；|(zhì)區(qū)域等）中的570多種蛋白質(zhì)進(jìn)行空間原位的表達(dá)檢測(cè)，快速發(fā)現(xiàn)新的蛋白質(zhì)生物標(biāo)記物和藥物靶點(diǎn)。與傳統(tǒng)的免疫組化（IHC）或免疫熒光（IF）檢測(cè)方法相比，利用GeoMx IPA可在每張組織切片獲得更全面的生物信息。同時(shí)GeoMx IPA同樣采取了與組織學(xué)實(shí)驗(yàn)類似的工作流程，與您實(shí)驗(yàn)室中現(xiàn)有的組織學(xué)方案程無(wú)縫集成。

產(chǎn)品特點(diǎn)：

超多蛋白靶標(biāo)，帶來的是突破性的生物標(biāo)志物發(fā)掘能力：在一張組織切片上檢測(cè)超過570個(gè)人類蛋白靶標(biāo)的原位表達(dá)信息；

全面覆蓋77種癌癥關(guān)鍵的功能途徑；

RNA和蛋白共檢實(shí)現(xiàn)真正的空間多組學(xué)檢測(cè)，最大程度釋放有限樣本的無(wú)限價(jià)值：在一張組織切片上同時(shí)獲取空間全轉(zhuǎn)錄組（GeoMx WTA）和空間蛋白組（GeoMx IPA）數(shù)據(jù)；

無(wú)損檢測(cè)分析：柔和、穩(wěn)定的生物化學(xué)原理極大程度減小了對(duì)組織樣本的損傷；

經(jīng)IHC驗(yàn)證的全面抗體目錄，與您熟悉的免疫組化技術(shù)無(wú)縫集成；

支持靈活的定制方案：可以添加多達(dá)40個(gè)額外的蛋白質(zhì)靶標(biāo)。

GeoMx DSP空間多組學(xué)分析系統(tǒng)

GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）空間多組學(xué)平臺(tái)結(jié)合了組織影像分析和原位定量技術(shù)，可在展示全局組織結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，進(jìn)一步實(shí)現(xiàn)從復(fù)雜組織中對(duì)細(xì)胞亞群或特定結(jié)構(gòu)的精準(zhǔn)分析。在獲得高分辨率的樣本空間信息的同時(shí)實(shí)現(xiàn)高靶標(biāo)蛋白（~570種蛋白質(zhì)）和全轉(zhuǎn)錄組（~20000個(gè)基因）空間原位表達(dá)譜的精準(zhǔn)獲取。最新的DSP工作流程可以支持在一張組織切片上同時(shí)檢測(cè)蛋白質(zhì)和RNA的空間原位表達(dá)信息。GeoMx DSP兼容多種組織樣本類型（如FFPE、新鮮凍存樣本等），成為基礎(chǔ)科研、轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究和臨床實(shí)踐探究中強(qiáng)大有力的工具，使不同領(lǐng)域（如腫瘤學(xué)、免疫疾病、神經(jīng)科學(xué)、藥物研發(fā)等）的研究人員能夠深入洞察組織微環(huán)境、功能亞結(jié)構(gòu)、免疫系統(tǒng)作用機(jī)制和生物標(biāo)志物發(fā)掘，滿足不同階段的研究和應(yīng)用需求！

CosMx SMI單細(xì)胞空間原位成像系統(tǒng)

CosMx SMI是一個(gè)突破性的單細(xì)胞空間原位成像平臺(tái)，結(jié)合了超高分辨率成像技術(shù)和多靶標(biāo)檢測(cè)能力，能夠?qū)M織切片中6000種RNA和64種蛋白質(zhì)分子進(jìn)行單細(xì)胞和亞細(xì)胞分辨率的原位成像，支持研究人員實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)透徹的生物學(xué)解析。

眾所周知，F(xiàn)FPE樣本中的RNA和蛋白質(zhì)通常質(zhì)量較低，尤其是RNA往往降解嚴(yán)重，使得對(duì)于FFPE樣本的分子檢測(cè)分析極具挑戰(zhàn)性。CosMx SMI系統(tǒng)具有簡(jiǎn)單的樣本制備流程和穩(wěn)定的原位雜交化學(xué)原理，并能夠兼容多種組織類型（如新鮮冷凍（FF）、福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）、組織芯片（TMA）、類器官等），在單細(xì)胞分辨率上實(shí)現(xiàn)RNA和蛋白質(zhì)在組織細(xì)胞原位精細(xì)的可視化展示和精準(zhǔn)的定量分析。

超多靶標(biāo)的單細(xì)胞空間原位表達(dá)信息不僅可以實(shí)現(xiàn)精細(xì)的細(xì)胞分型，繪制單細(xì)胞空間圖譜，詳細(xì)展示細(xì)胞鄰域和組織微環(huán)境，同時(shí)還支持細(xì)胞配受體檢測(cè)，在真實(shí)的組織空間背景下推進(jìn)您對(duì)細(xì)胞間相互作用、細(xì)胞通訊和細(xì)胞狀態(tài)的深刻洞察。

CosMx SMI應(yīng)用包括：

單細(xì)胞空間圖譜：發(fā)現(xiàn)不同細(xì)胞類型，繪制其組織空間定位；

差異表達(dá)分析：基于空間背景的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析；

解析細(xì)胞狀態(tài)和細(xì)胞功能；

細(xì)胞鄰域分析：組織微環(huán)境的空間表型；

細(xì)胞通訊：配體-受體相互作用；

轉(zhuǎn)錄本和蛋白的亞細(xì)胞定位；

生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證。

SBC中心實(shí)驗(yàn)室

SBC中心實(shí)驗(yàn)室聚焦單細(xì)胞、空間多組學(xué)前沿技術(shù)，圍繞基因組、表觀組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組和微生物組等多維組學(xué)研究，以國(guó)際一流水平的技術(shù)平臺(tái)，二十余年專業(yè)經(jīng)驗(yàn)的技術(shù)團(tuán)隊(duì)，打造創(chuàng)新產(chǎn)品服務(wù)體系，高效助力科學(xué)發(fā)現(xiàn)產(chǎn)品研發(fā)。中心始終以嚴(yán)謹(jǐn)?shù)目茖W(xué)態(tài)度，堅(jiān)持創(chuàng)新，服務(wù)國(guó)家重大戰(zhàn)略任務(wù)，推動(dòng)技術(shù)成果轉(zhuǎn)化應(yīng)用和帶動(dòng)產(chǎn)業(yè)集群發(fā)展。長(zhǎng)期舉辦學(xué)術(shù)論壇、專題研討會(huì)、前沿技術(shù)培訓(xùn)，為數(shù)十家跨國(guó)制藥企業(yè)和上千家國(guó)內(nèi)科研機(jī)構(gòu)、院校、醫(yī)院提供系統(tǒng)全面一站式的科研與轉(zhuǎn)化解決方案，日益發(fā)揮面向生物醫(yī)藥全行業(yè)功能效益和策源動(dòng)力。