病毒性疾病的傳播具有高度不穩(wěn)定性和高度傳染性。作為病毒傳播的載體,細胞是探索病毒傳播機制和疾病的重要因素。然而,目前仍然缺乏有效的手段來連續(xù)監(jiān)測細胞中病毒感染的過程,也沒有快速、高通量的方法來評估病毒感染的狀態(tài)。
據(jù)麥姆斯咨詢報道,近期,江蘇大學楊寧和哈佛大學張興才共同通訊(李桐歌為第一作者)在Science Advances期刊上在線發(fā)表題為“Virus detection light diffraction fingerprints for biological applications”的研究論文,研究成果被選為該期封面。該研究應用了灰度共生矩陣,有效地設置了兩個參數(shù)來區(qū)分細胞的病毒感染狀態(tài)和感染時間,并將細胞的病毒感染過程可視化。該研究為在細胞水平上選擇優(yōu)良的家畜和家禽品種提供了一種高效且無損的測試方法。同時,該研究為隱性傳播的人傳人、動物傳動物和人畜共患病的檢測提供了方法,并且抑制和阻斷它們的進一步發(fā)展。
基于無透鏡衍射的細胞病毒感染在線定位檢測系統(tǒng)的原理與結構
鑒于病毒性疾病的動物源性,病毒性疾病的檢測不僅局限于人類。監(jiān)測家畜或常見寵物如狗和貓等動物也很重要,因為人類與動物之間的密切接觸很容易傳播病毒。全球范圍內(nèi)大量報道的寵物感染嚴重急性呼吸綜合癥冠狀病毒2型(SARS-CoV-2)的證據(jù)表明,動物在攜帶或傳播傳染性病毒方面具有一定的影響力。通過揭示與病毒侵入相關的細胞的生長狀態(tài),可以及時檢測和阻止病毒的跨物種傳播或溢出。
然而,傳統(tǒng)的體外檢測病毒應激程度的方法周期長,試劑種類繁多,并且難以自動化處理,這在檢測后會對細胞造成不可逆的損害。 目前,常用的儀器檢測方法受到檢測手段的缺陷限制,無法實現(xiàn)對特定細胞樣本的信息提取。因此,實時方法為控制和預防病毒性疾病的傳播提供了簡便的研究思路。由于技術障礙,臨床檢測病毒性疾病需要大量時間和復雜的實驗進行分析和測試,導致檢測到的目標病毒范圍小或生成的二進制信息質(zhì)量相對較低。因此,基于細胞水平的病毒學研究不僅可以優(yōu)化檢測過程,而且可以從本質(zhì)上揭示感染過程并探索病毒抑制方法。
傳統(tǒng)的病毒應激細胞狀態(tài)檢測方法可分為標記方法和非標記方法。主要的標記方法包括甲基噻唑啉偏二甲苯磺酸鹽(MTT)、2,3-雙-(2-甲氧基-4-硝基-5-磺基苯基)-2H-四唑-5-羧酰胺(XTT)和細胞計數(shù)試劑盒-8(CCK-8)測試,其原理是區(qū)分死細胞和活細胞并計算細胞數(shù)量,一方面檢測與細胞健康狀態(tài)密切相關的細胞中的某些物質(zhì),另一方面,由于標記對細胞的侵害,無法在長周期內(nèi)監(jiān)測細胞狀態(tài)的多個時間節(jié)點,因此沿著這一趨勢發(fā)展出了新的細胞活動檢測方法。
由于傳輸光的相位分布與細胞體形態(tài)密切相關,因此Schmitz等人提出通過顯微成像和RNA篩選來測量細胞活動,并提取所測量對象的相關信息。然而,顯微成像技術的視野較小,難以滿足高通量的細胞樣本成像和信息提取需求。此外,電或電化學信號需要特殊的電極來建立適應細胞生長的培養(yǎng)環(huán)境,研究成本高,對電極性能有要求。這時,基于光譜學的無損檢測技術的優(yōu)勢進一步凸顯。
無透鏡全息技術打破了傳統(tǒng)顯微鏡的缺陷,并提供了既具有高分辨率又具有寬視野的顯微成像技術,能夠滿足細胞活動評估的高通量需求。其成像區(qū)域可擴展數(shù)百倍,為適應不同樣本和應用場景的需求提供了更大的靈活性。 基于以上研究成果,研究人員開發(fā)了基于連續(xù)和高通量細胞的病毒光散射指紋的生物應用,用于病毒檢測,可應用于人類、寵物和家畜的病毒性疾病檢測,以及在細胞水平上選擇和繁育優(yōu)良的家畜和家禽品種。另一方面,它還可以及時檢測和抑制人與人、動物與動物以及人畜共患病的隱藏傳播,并阻止其進一步發(fā)展。
圖2 不同形態(tài)細胞的衍射指紋分析 一個例子是,通過拍攝病毒應激細胞的光散射光譜,利用無透鏡大場衍射成像平臺獲取了病毒應激細胞的衍射指紋,將指紋信息量化以篩選高度耐受的細胞。首先,根據(jù)感染病毒的細胞形態(tài)的變化,探索了對光學路徑的影響。具有不同形態(tài)的細胞的衍射指紋在一定程度上是不同的。其次,研究人員發(fā)現(xiàn)了一種有效反映細胞病毒應激程度的指紋特征。此外,研究人員通過使用灰度共生矩陣(GLCM)定義的兩個參數(shù),對指紋特征進行量化。最后,開發(fā)了基于無透鏡衍射的病毒應激細胞的在線定位檢測系統(tǒng),并對檢測結果進行了聚類。利用豬睪丸細胞系(ST)和豬假性狂犬病病毒(PRV)對細胞進行病毒感染實驗,將其與其他衍射指紋量化方法進行了比較,并使用MTT方法驗證了實驗結果。
圖3 灰色共現(xiàn)矩陣分析了病毒感染不同時期的衍射指紋圖譜
圖4 衍射指紋圖譜的聚類結果和比較分析
與許多當前病毒檢測方法相比,該研究提出的方法是一種光譜學無損測試,不需要化學試劑且不具破壞性。該研究實現(xiàn)了對某一細胞感染病毒的定位檢測,同時可以同時檢測許多其他細胞。本文中設置的分析參數(shù)首次進行了系統(tǒng)研究,可以實現(xiàn)更好的分類效果。
審核編輯:黃飛
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原文標題:基于光衍射指紋圖譜的實時、高通量病毒檢測方法
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