資料介紹
AMBER是一款主流的分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件,用于研究分子體系內(nèi)的微觀運(yùn)動(dòng)狀態(tài)。為利用神威太湖之光的海量計(jì)算資源加速 AMBER軟件模擬分子體系的運(yùn)動(dòng)過程,將 AMBER軟件移植到SW26010處理器的主核上建立主從加速模型,實(shí)現(xiàn) AMBER軟件的從核并行化設(shè)計(jì)。在從核并行化的基礎(chǔ)上提出主從異步流水化方案,利用Sw26ol0處理器從核的局部數(shù)據(jù)緩存和直接內(nèi)存存取通道技術(shù),解決從核訪存速度過低及并行訪存帶寬受限的問題,并通過SIMD指令將部分從核代碼向量化,進(jìn)一步提升 AMBER軟件在神威太湖之光平臺(tái)上的計(jì)算性能。測(cè)試結(jié)果表明, AMBER熱點(diǎn)函數(shù)的計(jì)算性能較優(yōu)化前約提升1倍,單校組的整體性能較 Intel Xeon platinum8163約提升4.6倍。
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