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“聯(lián)邦學(xué)習(xí)”或?qū)⑼苿覣I在醫(yī)療行業(yè)加速落地?

張慧娟 ? 來源:電子發(fā)燒友網(wǎng) ? 作者:張慧娟 ? 2019-10-21 09:37 ? 次閱讀
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AI正在各個(gè)行業(yè)掀起漸進(jìn)式的變革,醫(yī)療一直是其中的熱門領(lǐng)域,被業(yè)界認(rèn)為有可能盡快實(shí)現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化。

AI+醫(yī)療的快速發(fā)展,離不開迅速增長的醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)規(guī)模、快速提升的算力和理論基礎(chǔ)的進(jìn)展。進(jìn)一步分析,從資本層面來看,AI+醫(yī)療有較好的投資盈利預(yù)期,受到了資本的追捧;從技術(shù)和人才角度來看,醫(yī)療AI的研究機(jī)構(gòu)眾多,包括科研單位、高校、大型企業(yè)、創(chuàng)業(yè)企業(yè)等,造就了一大批奮戰(zhàn)在一線的科研機(jī)構(gòu),相應(yīng)的技術(shù)和人才水平較高;具體到細(xì)分應(yīng)用,特別是在醫(yī)學(xué)圖像識別領(lǐng)域,擁有豐富的技術(shù)和設(shè)備等資源。

醫(yī)療影像面臨的數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)

AI在醫(yī)療產(chǎn)業(yè)的發(fā)展,最初是數(shù)據(jù)收集,主要是通過多種工具或設(shè)備來收集人體的健康數(shù)據(jù),醫(yī)療影像是其中之一,也是迄今為止AI在醫(yī)療行業(yè)落地最為成熟的應(yīng)用之一。隨著醫(yī)療信息化和生物技術(shù)不斷地發(fā)展,醫(yī)療數(shù)據(jù)的類型和規(guī)模正以前所未有的速度快速增長。

在醫(yī)療AI領(lǐng)域,獲取高質(zhì)量的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)難度較大。一方面來自于醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)前處理和標(biāo)注所需的投入,占據(jù)了開發(fā)成本的絕大部分,工作量巨大;其次,隨著現(xiàn)代醫(yī)學(xué)影像技術(shù)的發(fā)展,醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)的產(chǎn)生技術(shù)也變得越來越復(fù)雜,客觀上加大了數(shù)據(jù)的獲取和使用難度;同時(shí),由于醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)絕對的私密性,數(shù)據(jù)的擁有方采取高度保護(hù)措施,也加大了AI研發(fā)機(jī)構(gòu)獲取數(shù)據(jù)的難度。

只有獲取更多的數(shù)據(jù)進(jìn)行訓(xùn)練,AI模型才能更強(qiáng)健。而眼下這些現(xiàn)狀,顯然有礙于深度學(xué)習(xí)理論下AI模型的進(jìn)展。

“聯(lián)邦學(xué)習(xí)”——打破數(shù)據(jù)壁壘,保護(hù)隱私數(shù)據(jù)

日前,在全球高端的醫(yī)學(xué)影像會議MICCAI召開期間,NVIDIA攜手倫敦國王學(xué)院推出了用于醫(yī)學(xué)影像分析、且具有隱私保護(hù)能力的聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)( federated learning system)。據(jù)了解,該實(shí)驗(yàn)基于取自BraTS 2018數(shù)據(jù)集的腦腫瘤分割數(shù)據(jù)而實(shí)施,包含了285位腦腫瘤患者的MRI掃描結(jié)果,采用了NVIDIA V100 Tensor Core GPU用于訓(xùn)練與推理。

NVIDIA醫(yī)療副總裁Kimberly PowellNVIDIA資深研究科學(xué)家Nicola Rieke介紹了聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)的技術(shù)細(xì)節(jié)、實(shí)施前景及研究背景。
右一:NVIDIA醫(yī)療副總裁Kimberly Powell
左一:NVIDIA資深研究科學(xué)家Nicola Rieke

聯(lián)邦學(xué)習(xí)(federated learning)是一種能夠讓開發(fā)者與各企業(yè)機(jī)構(gòu)利用分散在多個(gè)位置的訓(xùn)練數(shù)據(jù),對中心深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(DNN)進(jìn)行訓(xùn)練的學(xué)習(xí)范式,該方法可以支持各企業(yè)機(jī)構(gòu)針對共享模型開展協(xié)作,而無需共享任何臨床數(shù)據(jù)。

NVIDIA最新發(fā)布的論文中,對這一數(shù)據(jù)訓(xùn)練方式表述為:“聯(lián)邦學(xué)習(xí)在無需共享患者數(shù)據(jù)的情況下,即可實(shí)現(xiàn)協(xié)作與分散化的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)訓(xùn)練。各節(jié)點(diǎn)負(fù)責(zé)訓(xùn)練其自身的本地模型,并定期提交給參數(shù)服務(wù)器。該服務(wù)器不斷累積并聚合各自的貢獻(xiàn),進(jìn)而創(chuàng)建一個(gè)全局模型,分享給所有節(jié)點(diǎn)?!?br />
一言蔽之,“聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)”最大的突破,在于它的運(yùn)行方式是——模型找數(shù)據(jù),而非數(shù)據(jù)找模型。如下圖所示,最左邊的“全局AI模型”可以分散到各個(gè)醫(yī)院或研究中心,利用它們本地的數(shù)據(jù)進(jìn)行訓(xùn)練,之后再將訓(xùn)練后的模型回傳,而數(shù)據(jù)始終保存在本地。通過各個(gè)醫(yī)院、研究中心等機(jī)構(gòu)不斷地訓(xùn)練,“全局AI模型”不斷壯大,再分享給各個(gè)節(jié)點(diǎn),實(shí)現(xiàn)了數(shù)據(jù)與模型訓(xùn)練的“雙贏”。

由于無需上傳病人的隱私數(shù)據(jù),大大打消了數(shù)據(jù)擁有方對于隱私數(shù)據(jù)的顧慮。但是,這一系統(tǒng)是否足夠安全?有無被通過“反推”方式破解數(shù)據(jù)的風(fēng)險(xiǎn)?

Nicola Rieke對<電子發(fā)燒友>表示,通過模型反演、設(shè)法使數(shù)據(jù)重現(xiàn)的手段已在研究考量中,因?yàn)槿绻赖讓拥倪\(yùn)行邏輯,不排除會有一些反推手段。為了提高聯(lián)邦學(xué)習(xí)的安全性,研究人員試驗(yàn)了使用ε-差分隱私框架的可行性。該框架是一種正式定義隱私損失的方法,該方法可以借助其強(qiáng)大的隱私保障性來保護(hù)患者與機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)。據(jù)Nicola Rieke介紹,相當(dāng)于完成模型訓(xùn)練之后,加入“噪點(diǎn)”使數(shù)據(jù)變得模糊,改變了原有數(shù)據(jù)的顆粒度,使得反推更加困難。

“聯(lián)邦學(xué)習(xí)”VS.“集中化數(shù)據(jù)處理”

Kimberly Powell進(jìn)一步談到了聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)的價(jià)值所在。她提到,在當(dāng)前很多AI的研究或項(xiàng)目中,大量的工作離不開“數(shù)據(jù)收集”,各個(gè)國家都在進(jìn)行相應(yīng)的工作。但是涉及跨國或是跨區(qū)域的合作,大家?guī)缀醪豢赡芄步ㄒ粋€(gè)數(shù)據(jù)池進(jìn)行分享,因此數(shù)據(jù)壁壘愈發(fā)凸顯。這時(shí)“聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)”就能夠發(fā)揮作用了。

通過深度學(xué)習(xí)從數(shù)據(jù)中自動提取知識,再運(yùn)用“聯(lián)邦學(xué)習(xí)”有效聚合各機(jī)構(gòu)從私有數(shù)據(jù)中本地習(xí)得的知識,能夠進(jìn)一步提高深度模型的準(zhǔn)確性、穩(wěn)健性與通用化能力。

與集中化的數(shù)據(jù)處理方式相比,聯(lián)邦學(xué)習(xí)所提供的方法可以在不共享機(jī)構(gòu)數(shù)據(jù)的情況下實(shí)現(xiàn)相當(dāng)大的分割性能。試驗(yàn)結(jié)果顯示,隱私保護(hù)與受訓(xùn)模型質(zhì)量之間產(chǎn)生了自然折中。而且,通過使用稀疏向量技術(shù),聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)可以實(shí)現(xiàn)嚴(yán)格隱私保護(hù),且對模型性能僅產(chǎn)生合理的輕微影響。

另外就是集中化的數(shù)據(jù)處理方式,相當(dāng)于將數(shù)據(jù)量增加了一倍。例如1TB 的CT圖象,將它集中起來進(jìn)行訓(xùn)練,需要把這1TB數(shù)據(jù)進(jìn)行拷貝再做轉(zhuǎn)接傳輸,給整個(gè)系統(tǒng)增加了額外的數(shù)據(jù)負(fù)擔(dān),對于系統(tǒng)的算力、存儲、帶寬都是更為嚴(yán)峻的考驗(yàn)。

目前什么樣的系統(tǒng)能夠采用“聯(lián)邦學(xué)習(xí)”? Kimberly Powell表示,NVIDIA 的GPU硬件基本上對于每個(gè)服務(wù)器供應(yīng)商來說都是可以使用的,入門級的投入1萬美金即可。NVIDIA與美國放射科學(xué)會已經(jīng)共同打造了一個(gè)參考架構(gòu),可以應(yīng)用到各個(gè)醫(yī)院中,如果僅是試用性的訓(xùn)練,用這個(gè)架構(gòu)的第一層就可以了。如果有相對高層級的需求,可能需要從頭去打造全新的算法應(yīng)用。

Kimberly Powell強(qiáng)調(diào),“聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)”是目前在醫(yī)療健康A(chǔ)I領(lǐng)域的突破性進(jìn)展,該研究為部署安全聯(lián)邦學(xué)習(xí)方面做出了巨大的推動,并將廣泛推動數(shù)據(jù)驅(qū)動型精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的進(jìn)步。

崛起的醫(yī)療AI,進(jìn)擊的NVIDIA

根據(jù)公開數(shù)據(jù),到2020年醫(yī)療數(shù)據(jù)量將達(dá)40萬億GB,數(shù)據(jù)生成和共享的速度將迅速增長,其中80%以上的數(shù)據(jù)為非結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)。面對如此迅速增長的醫(yī)療數(shù)據(jù)量,不借助AI的提升很難進(jìn)行甄別和處理。

Kimberly Powell以2017年獲得諾獎的一臺記錄人體蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)的機(jī)器舉例,這臺機(jī)器可以在原子層面記錄人體的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù),這種新型的探測技術(shù)每天收集超過3T數(shù)據(jù),可以用于很多醫(yī)療研究領(lǐng)域,例如基因組學(xué)等等。在接下來的幾年中,它所生成的數(shù)據(jù)會比Facebook、YouTube的數(shù)據(jù)總和還要多。想象一下全世界范圍之內(nèi),所有的醫(yī)院、供應(yīng)商所產(chǎn)生的數(shù)據(jù)。

另一方面,就放射科而言,實(shí)際的醫(yī)生數(shù)量與需求之間并不匹配,存在著巨大的人員缺口,在美國這一缺口達(dá)到50%。Kimberly Powell稱,正因?yàn)槿绱?,需要將一些工作?shí)現(xiàn)自動化,降低AI的應(yīng)用門檻。

她認(rèn)為,2018年是AI在放射科應(yīng)用的拐點(diǎn),除了通過AI大幅降低成本,提升圖像質(zhì)量,真正將醫(yī)療工作與AI整合在了一起。例如CT設(shè)備通過AI實(shí)時(shí)算法縮短成像時(shí)間,生成更多更安全、準(zhǔn)確的實(shí)時(shí)圖像;以及探測顱內(nèi)出血的設(shè)備,可以根據(jù)實(shí)際情況及時(shí)幫助醫(yī)生根據(jù)工作優(yōu)先級調(diào)整工作流程等。

根據(jù)億歐智庫的研究顯示,國內(nèi)疾病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測、醫(yī)學(xué)影像場景下的公司數(shù)量最多,占醫(yī)療AI公司總數(shù)的一半以上,相關(guān)產(chǎn)品相對成熟。

也正是看到了AI在醫(yī)學(xué)影像領(lǐng)域的巨大潛力,NVIDIA不斷加大在這一細(xì)分領(lǐng)域的投入。今年春天,NVIDIA正式發(fā)布了Clara。和CUDA一樣,Clara的推出是NVIDIA在GPU易用性方面做出的又一努力。但不同于CUDA,Clara面向醫(yī)療領(lǐng)域的垂直細(xì)分應(yīng)用,從軟件層面幫助開發(fā)者在GPU平臺部署計(jì)算密集型醫(yī)療AI應(yīng)用程序。

由于標(biāo)記數(shù)據(jù)對于構(gòu)建安全可靠的AI至關(guān)重要,但放射科醫(yī)生無法花費(fèi)數(shù)小時(shí)來標(biāo)記數(shù)據(jù)集。因此Clara具備輔助注釋功能,可以加速結(jié)構(gòu)化數(shù)據(jù)集的創(chuàng)建,從而在幾分鐘內(nèi)完成注釋。

此外,Clara還具有遷移學(xué)習(xí)的功能,能夠?qū)σ延心P瓦M(jìn)行調(diào)整,從而適應(yīng)本地變量。它能夠使用包含本地人口統(tǒng)計(jì)的數(shù)據(jù)和本地影像設(shè)備對深度學(xué)習(xí)算法進(jìn)行定制,且無需移動或共享患者數(shù)據(jù)。因此,醫(yī)生可為自己的患者創(chuàng)建模型,而無需使用10倍的數(shù)據(jù)量從頭開始。

對于初創(chuàng)公司來說,Clara這種可以在官網(wǎng)免費(fèi)下載的SDK很受歡迎。NVIDIA也在增加更多的加速引擎,幫助他們提升效率,加速方案的部署。此外,Clara也面向針對醫(yī)療設(shè)備公司、醫(yī)院等企業(yè)客戶。

截至目前,這一平臺的開發(fā)者數(shù)量已經(jīng)增長了4倍。據(jù)了解,最新發(fā)布的“聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)” 也會整合到Clara工具平臺中。而不論是聯(lián)邦學(xué)習(xí)系統(tǒng)還是Clara,都是NVIDIA使AI在醫(yī)療行業(yè)更為落地的鋪墊。作為底層技術(shù)賦能者,NVIDIA正在通過軟件+硬件的方式,雄心勃勃地進(jìn)發(fā)著

Kimberly Powell表示,得益于之前在消費(fèi)級AI的良好基礎(chǔ),NVIDIA能夠在醫(yī)療AI領(lǐng)域提供面向更復(fù)雜應(yīng)用的開發(fā)工具。下一步,針對自動化AI將進(jìn)行更為深入的研究和投入。


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    GE醫(yī)療與亞馬遜云科技達(dá)成戰(zhàn)略合作,通過生成式AI加速醫(yī)療健康領(lǐng)域轉(zhuǎn)型

    GE醫(yī)療已選擇亞馬遜云科技作為其戰(zhàn)略云服務(wù)合作伙伴,致力于推出全新的定制化基礎(chǔ)模型,加速創(chuàng)新醫(yī)療應(yīng)用快速開發(fā)。 ? GE醫(yī)療利用亞馬遜云科
    發(fā)表于 08-29 16:38 ?420次閱讀